稲田です。
geditだと、保存ダイアログで改行コードが選べないですね。
Xubuntuのデフォルトのテキストエディタである、mousepadでは、保存ダイアログで改行コードが選べます。
sudo aptitude install mousepad
したのち、「アプリケーション」-「アクセサリ」-「マウスパッド」
で起動できます。
ファイルを保存するときに、改行コードをCR+LFに設定して保存してください。
また、Windows側に、EmEditor Freeのような、CR+LF以外の改行コードに対応した
フリーソフトのテキストエディタを追加するという手もあります。