こんばんは、M.H です。
> ただ、Webブラウザのflashプラグインが設定ファイルを見てたりするので、
> そこだけは残しておいた方が無難かも。
/etc/X11/fs/config の話？だと思いますけど、
バージョン 9.0.48.0 以降、XLFD から fontconfig に移行したっぽいので、
あんまり関係ないかも知れません。
# 最近のクソ重くて、ximまわりが腐ってるとしか思えないflashプラグインには
# 辟易ですけどね:-P
Thanks!
-M.H