2009年8月29日

[gentoojp-users:02154] 絶対パスで指定しないとbuffer overflow

gentoo-users の皆さんこんにちわ
アラキと申します。

今、sci-chemistry/gromacs-4.0.5 を使いたいと思いまして
インストールを行いました。
インストールの時に使用しているUSE frag は以下のようにしてあります。

USE="X bash-completion blas debug dmalloc doc fftw fkernels gsl lapack

mpi single-precision xml -double-precision -static -test -zsh-completion

インストールは無事行えたと思っているのですが、コマンドの一つ
/usr/bin/pdb2gmx を 絶対パスを指定しないで

pdb2gmx として見ると、以下のようなメッセージが出て、
buffer overflow を起こして終了してしまいます。

araki@xxxxx ~ $ pdb2gmx
:-) G R O M A C S (-:

*** buffer overflow detected ***: pdb2gmx terminated
======= Backtrace: =========
/lib/libc.so.6(__fortify_fail+0x37)[0x2b36f477f8c7]
/lib/libc.so.6[0x2b36f477d6e0]
/lib/libc.so.6[0x2b36f477c4cd]
pdb2gmx(get_libdir+0x214)[0x4373d4]
pdb2gmx(low_libfn+0x162)[0x4375a2]
pdb2gmx(low_libopen+0x15)[0x437605]
pdb2gmx[0x433b29]
pdb2gmx(bromacs+0x1d)[0x433d6d]
pdb2gmx(CopyRight+0x44)[0x433dc4]
pdb2gmx(main+0x640)[0x412280]
/lib/libc.so.6(__libc_start_main+0xe6)[0x2b36f46b7a26]
pdb2gmx[0x411279]
======= Memory map: ========
以下Memory map が続く…


ところが、絶対パスを指定してコマンドを記述すると、少なくともbuffer
overflow を起こさずに正常動作している様に見えます。まだ細かい動作確認ま
ではしていませんがsimple test は通っているので大丈夫だと考えています。

あと、sudo を使ってroot 権限で実行しても問題なく動くことを
確認しています。


このような状況は、どの要因でおこるのでしょうか?
お気づきの点などありましたら、ご教示いただけたらと思います。


アラキ


投稿者 xml-rpc : 2009年8月29日 17:11
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